Полная версия

Главная arrow Агропромышленность arrow Общая фитопатология

  • Увеличить шрифт
  • Уменьшить шрифт


<<   СОДЕРЖАНИЕ   >>

Идентификация патогенных микроорганизмов с использованием молекулярных методов

В большинстве случаев при анализе симптомов поражения мы имеем предположения о том, какой патогенный организм следует искать. Так, если мы видим поражение стебля томата или картофеля, покрытое мелкими черными точечными склероциями, то это, скорее всего, Colletotrichum coccodes. В этом случае достаточно взять готовую пару праймеров или пару праймеров и зонд (тест-систему) для этого патогена, выделить ДНК из пораженной ткани и провести диагностическую ПЦР. Если результат положительный — то действительно, это Colletotrichum coccodes. Если отрицательный — придется выделять возбудителя болезни в чистую культуру и определять.

Представим более сложный вариант — например, некроз на листе томата. Исследование во влажной камере показало присутствие Phytophthora infestans. Но мы предполагаем, что там же присутствуют и какие-то другие грибы (видны гифы, непохожие на Phytophthora infestans). Если это сапро- трофные виды, то ничего страшного нет. Но если это фитопатогены, например Altemaria или Colletotrichum, то неправильный подбор фунгицидов (многие фунгициды против Phytophthora infestans не действуют на аскомицетов) приведет к развитию заболевания и большим потерям урожая. Можно, конечно, использовать смесь фунгицидов. Однако использование смесей дорого, к тому же в смеси активность отдельных фунгицидов часто снижается.

В таком случае необходимо проводить диагностику с тест-системами на все предполагаемые объекты. Если при использовании тест-систем на Altemaria и Colletotrichum результат отрицательный — следует попробовать тест-системы на виды, встречающиеся на томате с похожими симптомами (в данном случае это могут быть грибы родов Fusarium, Botritis и др.). С помощью ПЦР все анализы можно сделать за один день.

Задача поиска известных фитопатогенных объектов актуальна не только для поиска возможных возбудителей болезней на поле или в саду. Она имеет и другие приложения, например:

- поиск карантинных организмов в партиях семенного материала, ввозимого на территорию страны;

исследование проб аэрозоля воздуха, либо проб воды на наличие пропагул фитопатогенных (или карантинных) организмов. Присутствие в воздухе спор фитопатогенных грибов может свидетельствовать о скором начале эпифитотии;

- сертификация семенного материала, производимого семеноводческими компаниями;

выявление токсинообразующих видов на продовольственном материале. Особенно актуальна эта проблема для зерна.

Ограничением использования диагностики молекулярными методами является то обстоятельство, что для многих фитопатогенов пока не создано тест-систем. С другой стороны, даже успешно работающие в Европе или в Америке тест-системы могут не дать желаемого результата при использовании в других странах, например в России. Особенно это характерно для быстро мутирующих вирусов или бактерий: тест-система может не узнавать некоторые их штаммы, в результате чего мы получаем ложноотрицательный результат. Может быть и обратная ситуация, когда тест-система, разработанная для одного вида, дает положительные результаты для близкородственных видов, т.е. мы имеем ложноположительные результаты. Последнее особенно неприятно при выявлении карантинных организмов. Поэтому все тест-системы должны проходить обязательную проверку на штаммах из разных регионов и на близкородственных видах.

В случае, когда для интересующего вида не существует разработанных и апробированных тест-систем, остается только создавать их самостоятельно. Однако создание тест-систем и их проверка — занятие сложное и длительное, доступное только для хорошо оборудованных научных учреждений с квалифицированным штатом. Поэтому в данном учебнике мы не будем касаться методов разработки тест-систем, а остановимся только па описании разнообразных методов идентификации фитопатогенных организмов.

Для идентификации фитопатогенных объектов в настоящее время используется широкий арсенал различных методов. Среди них: электронная микроскопия, газожидкостная хроматография, изоферментный анализ, двумерный электрофорез, анализ вторичных метаболитов и т.д. Однако большая часть этих методов используется либо для очень узкого круга патогенов, либо исключительно в научных целях, так как отличается высокой ценой. В практике широкое использование получили методы идентификации, основанные на структуре ДНК (или РНК — для вирусов) и на взаимодействии антиген — антитело.

 
<<   СОДЕРЖАНИЕ   >>